Le schéma de fonctionnement du MCC définit trois instances principales autour desquelles le Mouvement s’organise: l’Assemblée Générale des Citoyens du MCC, le Parlement des Adhérents Militants du MCC et le Collège fédéral du MCC.
Suite à l’élection intervenue le 13 mai 2020 (Marie Christine MARGHEM a été élue avec 77% des suffrages exprimés), Madame MARGHEM, préside l’Assemblée Générale et le Collège fédéral du MCC. Son mandat a été reconduit pour une durée de 4 ans le 7 mai 2025.